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一番下に関連記事へのリンクがあります。
XiaomiのRedmi Note 4をroot化してSuperSUを入れて使用しています。
ただ、rootを取ると動作しなくなるアプリが出てきます。Pokemon Goやクロネコヤマト公式アプリなどがそうです。別に動かなくても構わないのですが、なぜか負けた気がします（笑）。そこでいろいろ調べたところ、Magiskを入れると指定したアプリを立ち上げるときにrootを回避できるようです。導入してみましょう。
参考にさせてもらったページは下記になります（サイト名はAndMem。ぎんよくさん作成）。
またこのページには次のような記載もあります。
「参考情報」に書きましたが、初期化せずに「su」ファイル2つとXposedを削除した状態で導入しても動作してしまいました。どうしても初期化できない・初期化が面倒だと言う方は、上記を削除した状態で試してみても良いかもしれません。
追記でこうも書かれています。
なお、最初からroot化されているカスタムROMの場合、一旦「/system/bin/su」及び「/system/xbin/su」を削除する必要があります。
詳しくは「Magiskを導入する―システム領域内の「su」を削除」で述べます。
⇒Magisk導入時に「su」が削除されるようになったため、この作業は不要です。
面倒なので初期化せずに「su」も入ったままインストールしてみます（Xposedは未導入）。
①xdaにあるMagiskの公式スレッドからダウンロードします。
②カスタムリカバリ（TWRP）を使用してインストールします。
（マウスを繋がずに動作するようになったので楽になりました。）
③Magisk ManagerをPlayストアからインストールします。
④Magisk Managerを立ち上げてメニューから「Setting」を選び、「Enable BusyBox」「Magisk Hide」「Systemless hosts」をオンにします。
⑤メニューから「Magisk Hide」を選び、rootを隠したいアプリを選びます。
Pokemon Goは最初からチェックが入っています。とりあえずクロネコヤマト公式アプリにチェックを入れました。
以上で準備完了です。再起動してPokemon Goを立ち上げると、、、動きません。クロネコヤマト公式アプリを立ち上げると、ブラウザが起動して起動できませんと表示されます。
どうやらうまくいかなかったようです。参考にさせてもらったページには次のような確認方法が記載されています。
Magisk Managerのメイン画面（Status画面）の一番下「Tap to start SafetyNet check」をタップすると、SafetyNetを回避できる状態かどうかを確認することができます。
やってみると「SafetyNet Failed: CTS profile mismatch」と出て、回避不可の状態と判定されました。（ただ著者のぎんよくさんの場合はこれでもPokemon Goは動作しているようです。）SELinuxの状態によって変わるそうなのですが、どうやって変更したらいいのかまでは書いてくれていませんでした（このサイトを見るような人にはわかることなので省略しているのでしょう）。
調べるとSELinuxModeChangerというアプリがあるようです。ただPlayストアからは消されていて、xdaのスレッドからダウンロードするようになります。
インストールして起動します。SElinuxの現状はPermissiveとなっています。それをEnforcingに変更します。再起動してPokemon Goを起動しますが、今回もダメです。クロネコヤマト公式アプリも同様です。
Magiskの公式サイトにも書かれていますが、システムを初期状態に戻さないときちんと動作しない場合もあるようです。私の環境がそれに当てはまりました。悔しいですが負けました（苦笑）。
最新記事も参考にしてください。
下記が最近記事です。
magiskでsuを隠してもクロネコヤマトのアプリは動かないですよ。
そうなんですね。情報ありがとうございます。